منطقه ورامین در مرکز ایران و دارای آب و هوای خشک و گاهی معتدل  می‌باشد. و از نظر اقلیمی به منطقه کشاورزی اکوتون معروف است که شباهت زیاد به هفتاد دصد از مناطق کشاورزی ایران می باشد. به طوری که از نظر تحقیقات و تولید بذر پنه و گیاهان لیفی شرایط رویش و به خصوص تولید بذر به علت وجود آفتاب‌های گرم و عدم وجود باران‌های مزاحم و وجود رطوبت تحت کنترل از طریق آبیاری شرایط بسیار ایده‌آلی را برای تکثیر بذور آزمایشات و سلکسیون ‌های ارقام مختلف فراهم می‌کند. وجود امکانات تحقیقاتی دولتی لازم منحصر به فرد موجود در بخش تحقیقات پنبه و گیاهان لیفی ورامین  از قبیل کارخانه پنبه پاک کنی، آزمایشگاه‌های تکنولوژی الیاف، کشت بافت و سیتوژنتیک ،گیاه پزشکی خاک و آب و مزارع تحقیقاتی و قرنطینه ای در خاوه ، وجود چهار بخش تخصصی تحت مدیریت مرکز و از طرفی عدم وجود این امکانات و نیروهای انسانی متخصص در استانهای همجوار استان تهران (قم، البرز، مرکزی و سمنان) و همچنین مشابهت اقلیمی ورامین با این استان‌ها،   نزدیکی به پایتخت و دست رسی آسان به بسیاری از واحد های ستادی و دانشگاه ها و بخش های خصوصی و موسسه های تحقیقاتی وابسته به وزارت کشاورزی رسالت این بخش را به عنوان بخش معین و فرا استانی موسسه تحقیقات پنبه کشور مستقر در مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی تهران در مناطق مرکزی ایران، با اهمیت می‌سازد.

وظایف و ماموریت های بخش تحقیقات پنبه و گیاهان لیفی

1. کمک به اجرای آزمایشات قرنطینه ای کشور با سازمان حفظ نباتات  در ایستگاه تحقیقات خاوه برای پنبه و سایر محصولات لیفی
2. کمک به پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی در ایستگاه تحقیقات خاوه برای تحقیق و توسعه محصولات تراریخته
3. -حفظ و نگهداری، احیاء و ازدیاد ژرمپ‌لاسم پنبه و گیاهان لیفی کشور
4. -بررسی مسائل و مشکلات و نیازهای تحقیقاتی در مناطق مرکزی و استان‌های تهران، وهمجوار (قم، سمنان، البرز)
5. همکاری با موسسه در جهت اجرای طرحهای تحقیقاتی، تحقیق ترویجی و PVS در استان تهران و مناطق استان‌های همجوار استان تهران
6. -بررسی سازگاری ارقام پنبه در مناطق خشک و نیمه خشک کشور
7. -ارزیابی و سلکسیون هسته اولیه ارقام تجاری پنبه که مورد نیاز استانهای همجوار استان تهران می‌باشند
8. -اجرای پروژه های تحقیقاتی در زمینه‌های کیفیت و خواص ریسندگی الیاف
9. -همکاری در تهیه و اجرای طرح‌های تحقیقی ترویجی به منظور توسعه و ترویج یافته های تحقیقاتی در استان‌های تهران و همجوار
10. -اندازه گیری و تعیین خصوصیات فیزیکی الیاف پروژه های تحقیقاتی کشور
11. -همکاری در تصفیه وش بذر پنبه
12. -همکاری در تکثیر بذور آزمایشات پنبه
13. -تحقیق در زمینه بهبود کیفیت الیاف در گونه‌های دیپلوئید بومی و اصلاح ارقام الیاف بلند
14. -ارتباط با صنایع نساجی و روغنکشی و موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی و دانشکده های نساجی و صنایع غذایی، پژوهشکده بیوتکنولوژی، و انرژی اتمی به عنوان نماینده موسسه پنبه در پایتخت
15. -تکثیر بذر هسته اولیه بذور مورد نیاز مناطق همجوار استان تهران
16. بررسی عوامل خسارتزای پنبه و گیاهان لیفی و ارایه راه حل های فنی جهت کاهش مخاطرات و خسارت
17. - برنامه ریزی برای بهبود ارائه خدمات بیمه ای فراگیر و تمام خطر اجباری ،کاهش طول دوره رشد پنبه در زمین اصلی،بهبود مدیریت مزرعه ورعایت اصول تناسب اراضی در کشت پنبه
18. برنامه ریزی برای کاهش طول دوره رشد محصول و توسعه کشت متراکم با استفاده از ارقام زودرس و متراکم ،دستیابی به ارقام مقاوم به ورس ،بهبود مدیریت مزارع و تغذیه گیاهی ،حفظ محیط زیست و توسعه و بهبود خدمات بیمه ای.
19. اصلاح الگوی کشت در دشتهای مواجه با بحران آب تخصیص مناسب زمین و آب
20. بهبود راندمان آبیاری با بکارگیری سیستمهای آبیاری تحت فشار بویژه قطره ای و میکرو.
21. ایجاد سامانه پیش بینی، هشدار و پیش گیری خشکسالی.
22. حرکت تدریجی به سمت سیستم های کم‌خاک‌ورزی و بی‌خاک‌ورزی
23. جایگزینی روش‌های کشت نشایی به جای بذرکاری به منظور کاهش دوره رشد در محصولات  واجد شرایط
24. استفاده از داده های هواشناسی برای بکارگیری سیستم‌های هوشمند کنترل شرایط محیطی در مزارع
25. استفاده‌ی مجدد از آب‌های هرز برای آبیاری مجدد
26. استفاده از کودهای دامی و کمپوست شهری، ورمی کمپوست‌ها جهت بهبود تغذیه گیاهی و حفظ رطوبت خاک
27. استفاده از تجهیزات مناسب برای کنترل به‌موقع علف‌های هرز، آفات و بیماری‌ها
28. استفاده از مالچ‌ها، شخم سطحی و سله‌شکنی، پوشاندن زمین از برگ و کلش و بقایای گیاهی و ایجاد بادشکن‌های زنده (درخت) جهت کاهش شدت بادهای گرم تابستان و کاهش تبخیر
29. استفاده از دستگاههای مناسب برای بهبود مدیریت بقایای گیاهی( جلوگیری از سوزاندن بقایا)
30. معرفی ارقام متوسط و زودرس، بهبود روش کاشت و ماشینهای مربوطه
31. استفاده از مواد جاذب رطوبت و بهره‌گیری از مواد شیمیایی مناسب جهت کاهش تبخیر و تعرق
32. استفاده از صدا و سیما برای ترویج فرهنگ استفاده‌ بهینه از آب در شرایط کشاورزی
33. استفاده از روشهای مناسب آبیاری برای عادت دادن گیاهان با شرایط کم‌آبی (گوشمالی گیاهی)
34. تنظیم مقدار جریان آب ورودی به مزرعه با احداث استخری با سطح کم و عمق زیاد جهت کاهش تبخیر، کم بودن مساحت کرت‌ها و تنظیم سرعت حرکت آب در خاک‌های سبک و سنگین
35. مدیریت مصرف کودهای شیمیایی در شرایط خشکی و خشکسالی  
36. کشت بموقع و با هدف تطبیق مراحل فنولوژی گیاه با دمای متناسب محیط.
37. توسعه کشت مستقیم با اصول کشاورزی حفاظتی پنبه.
38. بهبود مدیریت مزرعه با هدف اسقرار مناسب گیاه. بهبود تغذیه بویژه از طریق مصرف کودهای پتاسه.
39. بهره مندی از کشت نشایی پنبه بمنظور کاهش دوره رشد در مزرعه اصلی
40. بهره مندی از پوشش مالچ و کشتهای متراکم با هدف کاهش تبخیر سطحی.
41. اصلاح الگوی کشت در دشتهای مواجه با بحران آب
42. بهبود کارایی مصرف آب در بخش کشاورزی
43. افزایش عملکرد در واحد سطح
44. بهبود کارایی مصرف آب در بخش کشاورزی
45. اصلاح روشهای زراعی در دشتهای مواجه با بحران شوری
46. جلوگیری از مصرف آبهای شور در بخش کشاورزی
47. بهبود حاصلخیزی خاکها و مدیریت تغذیه در اراضی شور
48. بهبود مدیریت بهره برداری از منابع خاک و آب
49. ردیابی و آماربرداری برای تعیین زمان سمپاشی آفات و ایجاد سامانه آموزشی، هشدار و پیش گیری از خسارت آفات و بیماریها.
50. تعیین سالیانه آستانه های اقتصادی آفات در مناطق مختلف
51. استفاده از فرمونهای مختلف با اهداف مختلف و تنظیم کننده های رشد
52. رعایت اصول بهداشتی (انهدام و پوساندن بقایای گیاهی، تناوب زراعی)

53. جلوگیری از مصرف بی رویه سموم شیمیایی در بخش کشاورزی
54. بازنگری در مورد قوانین و مقررات آفات، بیماریها و علفهای هرز قرنطینه
55. استفاده از کنترل زراعی (شخم، آبیاری، تغذیه، استفاده از کودهای آلی)
56. بهبود تغذیه گیاهی
57. توسعه روشهای زراعی و بیولوژیک در کنترل آفات
58. توسعه تولید و مصرف محصولات سالم و ارگانیک
59. بهبود مدیریت تلفیقی آفات و بیماریها
60. توسعه روشهای زراعی و بیولوژیک در کنترل آفات
61. توسعه تولید و مصرف محصولات سالم و ارگانیک